Po skončení sklizně odstraníme ze skleníku všechny zbytky rostlin a dáme je na kompost. Měli bychom mít na paměti, že rostliny napadené chorobami a škůdci do kompostu nepatří, raději je spálíme a případně kompletně vyměníme zeminu. Proti škodlivým mikroorganismům působí dezinfekčně sirné knoty, doba působení v uzavřeném skleníku by měla být 2 hodiny. Dýmovnice s obsahem jedovatého organofosfátu spolehlivě likviduje dospělce i larvy přezimujícího hmyzu, doporučená doba expozice v uzavřeném skleníku je 24 hodin. Tyto přípravky však nepoužíváme, pokud na ploše skleníku pěstujeme rychlenou podzimní zeleninu.

Pečlivě zryjeme záhony a zapracujeme do nich hnůj nebo kompost (vyzrálý, starý alespoň 3 roky). Pokud máme ve skleníku rostliny, které budou ještě plodit, zryjeme půdu okolo nich. Po rytí půdu nikdy neuhrabáváme, necháme ji nahrubo – aby půda mohla co nejhlouběji vymrznout, zlepší se struktura půdy – bude se lépe vázat voda a živiny. Přemrznou semena plevelů a zárodky škůdců. Výměnu zeminy bychom měli provádět alespoň 1 x za 5 let, do hloubky 10 – 20cm. K dezinfekci půdy ve skleníku můžeme použít dusíkaté vápno (Perlka) – dusíkato-vápenaté granulované hnojivo, v dávce 100g /m2 plochy, mělce zapravíme do půdy a zalejeme. Následně můžeme použít netkanou textilii k zakrytí půdy, aby byl povrch stále vlhký po dobu dvou až tří týdnů. Dusíkaté vápno eliminuje živočišné škůdce v půdě, redukuje klíčení plevelů, snižuje výskyt houbových chorob. Obsahuje nejvíce vápníku ze všech dusíkatých hnojiv ve vodorozpustné formě, zlepšuje velmi rychle strukturu půdy, snižuje okyselování půd. PERLKA stimuluje a podporuje biologickou aktivitu půdy, pomáhá rozvoji důležitých půdních bakterií, rostlinám se lépe rozvíjí kořenové vlášení – tím se zlepšuje příjem živin rostlinami.

Provedeme prohlídku skel, rámů, zkontrolujeme tmel, dotáhneme šrouby, opravíme a promažeme pohyblivé části. Umyjeme vnitřní stranu skel a stěn skleníku – postačí voda s octem a trochou saponátu, případně roztok hypermanganu. V zimě pravidelně odstraňujeme větší nánosy sněhu, proti sněhovým deformacím střechu skleníku uvnitř ochráníme podpěrami z dřevěných kůlů.